Schulträger ist das Schulwerk der Diözese Augsburg, Böheimstraße 8, 86153 Augsburg, Tel. 0821 455810100.
Der staatlichen Schulaufsicht unterliegt die Franz-von-Assisi-Schule hinsichtlich der Genehmigungs- und Anerkennungsvoraussetzungen sowie der fachlichen Eignung des Schulleiters und der Lehrkräfte.